起動されたクロック・エンジン（モジュールアップデーター）は、マザーサーバにアクセスし、ライセンス認証されたのち、ライセンス毎に予め設定されているパッチ格納場所から格納パッチ一覧を取得、自機の状況から必要パッチを判定してダウンロード、そして自機に適用します。

クロック・エンジンのライセンス管理やパッチ格納場所（スタンダードサイト）はマザーサーバに持ちます。モジュールアップデーターのクロック・エンジンには自動パッチ適用外の設定などきめ細かな設定を行うことが出来、実運用でのパッチ自動適用化が可能になっています。